В июне 1946 года Президиум АН СССР принял решение о создании в Кишиневе Молдавской научно-исследовательской базы АН СССР. Ее директором стал академик В. Волгин. В октябре 1949 года научно-исследовательская база была преобразована в Молдавский филиал АН СССР. С 1954 года Молдавский филиал АН СССР возглавил крупный и известный историк Я.С. Гросул.

26 июля 1960 года Совет Министров СССР принял решение о создании АН МССР. Торжественное открытие АН МССР состоялось 2 августа 1961 года. Научная деятельность Академии сосредоточена в 3 отделениях, объединяющих 24 научных учреждений и центров, в которых работают более 1000 сотрудников, в том числе 790 докторов и кандидатов наук.

В настоящее время президентом АН Республики Молдова является академик А. Андриеш. Исследования возглавляют 46 действительных членов, 467 членов-корреспондентов. Академия наук Республики Молдова играет большую роль в подготовке научных кадров страны. В 2000 году в ее учреждениях проходили подготовку более 100 докторантов.
Результаты исследований находят свое применение в различных отраслях народного хозяйства, а разработки многих молдавских ученых запатентованы в ряде стран мира: Россия, США, Германии, Франции, Италии, Японии и др.

К. Соломон